Впервые в Жодино Михаил появился в 2016 году, перейдя летом из "Белшины", а первым матчем в высшей лиге стала домашняя игра 17-го тура против "Слуцка" (2:0, 8 августа — ровно четыре года назад!). В тот раз Афанасье провёл всю встречу и на 10-й минуте открыл счёт. Всего в первый приход в "Торпедо-БелАЗ" полузащитник записал на свой счёт 38 матчей сильнейшего дивизиона, в которых он забил 5 мячей. В этом сезоне Михаил вновь перебрался в Жодино и уже сыграл 12 матчей белорусской элиты и отметился в их 1 голом.

Помимо "Торпедо-БелАЗ" в высшей лиге Афанасьев защищал цвета борисовского БАТЭ (2003-04; 23 матча /5 голов), минского МТЗ-РИПО (2005-07; 70/9), минского "Динамо" (2011-12; 53/6), "Гомеля" (2013; 29/3), солигорского "Шахтёра" (2015; 17/2), бобруйской "Белшины" (2016; 9/2) и пристоличной "Ислочи" (2019; 10/0).