Профессиональную карьеру Мариус начал в вильнюсском клубе «Жальгирис», в котором провел большую часть своей футбольной карьеры. В 2008 году Мариус перешёл в симферопольскую «Таврию», однако уже 15 августа, играя за молодежную команду против киевского "Арсенала", в столкновении с игроком соперника Рапалис получил серьезную травму. После в карьере игрока были «Ветра», «Судува», «Шауляй» и вновь «Жальгирис», сообщает официальный сайт гродненцев.